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Modelagem por Homologia
BLAST and Psi-BLAST
Clustal W and X, MODELLER
MODELLER6v2
MODELLER, SMS, PROCHECK
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•Se a identidade entre os modelos for menor de 20%, um alinhamento correto fica muito difícil de ser obtido, e consequentemente um modelo não se torna confiável. Entre 40 to 50% de identidade os modelos são geralmente corretos. A predição ab initio de proteínas ainda é um grande desafio.
Modeller
•Faz a modelagem satisfazendo as restrições de espaço.
•Utilizado mais frequentemente para modelagem comparativa ou por homologia.
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MODELLER ALIGN2D.top
MODEL.top
model.pdb
Modelagem por homologia satisfazendo as restrições espaciais (estereoquímica da molécula)
Sequência alvo: seq.txt Estrutura modelo: file.pdb Arquivo com alinhamento: file.ali TOP scripts: ALIGN2D.top
MODEL.top
Outras facilidadesLoops modeling.M.D., Energy minimization and simulated annealing.Models with H2O and HETATM.Etc....
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Sequência alvo: seq.txt
Estrutura modelo: file.pdb
Arquivo com alinhamento: file.ali
Modelagem por homologia usando MODELLER
Modeller6v2 in Linux Cluster of 2X Intel PIII
Using SSH Client shell
Host name: ganso username: guest0? password: smscg
ALIGN2D.top
MODEL.top
MODELLER 6v2
Arquivos necessários:
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Sequence file SEQ.txt
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Psi-Blast result in users 1-3
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ALIGN2D.top file in 1-3
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Alinhando a sequência alvo com nossa sequência
Running ALIGN2D.top$rsh node ?$cd modeller$mod6v2 ALIGN2D.top
View alignment file file.ali$exit$pico file.ali
Time exec. ~1 min.
Arquivo: ALIGN2D.top
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MODEL.top file in 1-3
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Running MODEL.top$rsh node?$cd modeller$mod6v2 MODEL.top
View log file MODEL.log$exit$pico MODEL.log
(Time exec. ~5 min.)
Construção do modelo
Arquivo: MODEL.top
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Avaliando o modelo com os dados do arquivo: MODEL.log(Avaliação Interna)
O melhor modelo é selecionado escolhendo o modelo com o menor valor de MODELLER Objective Function
Renomear o modelo selecionado de model para model.pdb
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Selecionando o melhor modelo
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Avaliação do modelo com PROCHECK e SMS
Avaliação Externa
Avaliar o modelo no SMS Ramachandran Plot
Avaliar o modelo com PROCHECK $cd procheck $procheck (model.pdb) (resolution)
Transferir os arquivos .ps files e visualizar com GSview
Comparar modelo e arquivo pdb usando JPD no modo split screenLaunch Java Protein Dossier: http://bsgi.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/