Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER...
Transcript of Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER...
![Page 1: Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.](https://reader035.fdocumentos.tips/reader035/viewer/2022062418/552fc134497959413d8d7e4a/html5/thumbnails/1.jpg)
http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão
Modelagem por Homologia
BLAST and Psi-BLAST
Clustal W and X, MODELLER
MODELLER6v2
MODELLER, SMS, PROCHECK
![Page 2: Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.](https://reader035.fdocumentos.tips/reader035/viewer/2022062418/552fc134497959413d8d7e4a/html5/thumbnails/2.jpg)
http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão
•Se a identidade entre os modelos for menor de 20%, um alinhamento correto fica muito difícil de ser obtido, e consequentemente um modelo não se torna confiável. Entre 40 to 50% de identidade os modelos são geralmente corretos. A predição ab initio de proteínas ainda é um grande desafio.
Modeller
•Faz a modelagem satisfazendo as restrições de espaço.
•Utilizado mais frequentemente para modelagem comparativa ou por homologia.
![Page 3: Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.](https://reader035.fdocumentos.tips/reader035/viewer/2022062418/552fc134497959413d8d7e4a/html5/thumbnails/3.jpg)
http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão
MODELLER ALIGN2D.top
MODEL.top
model.pdb
Modelagem por homologia satisfazendo as restrições espaciais (estereoquímica da molécula)
Sequência alvo: seq.txt Estrutura modelo: file.pdb Arquivo com alinhamento: file.ali TOP scripts: ALIGN2D.top
MODEL.top
Outras facilidadesLoops modeling.M.D., Energy minimization and simulated annealing.Models with H2O and HETATM.Etc....
![Page 4: Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.](https://reader035.fdocumentos.tips/reader035/viewer/2022062418/552fc134497959413d8d7e4a/html5/thumbnails/4.jpg)
http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão
Sequência alvo: seq.txt
Estrutura modelo: file.pdb
Arquivo com alinhamento: file.ali
Modelagem por homologia usando MODELLER
Modeller6v2 in Linux Cluster of 2X Intel PIII
Using SSH Client shell
Host name: ganso username: guest0? password: smscg
ALIGN2D.top
MODEL.top
MODELLER 6v2
Arquivos necessários:
![Page 5: Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.](https://reader035.fdocumentos.tips/reader035/viewer/2022062418/552fc134497959413d8d7e4a/html5/thumbnails/5.jpg)
http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão
Sequence file SEQ.txt
![Page 6: Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.](https://reader035.fdocumentos.tips/reader035/viewer/2022062418/552fc134497959413d8d7e4a/html5/thumbnails/6.jpg)
http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão
Psi-Blast result in users 1-3
![Page 7: Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.](https://reader035.fdocumentos.tips/reader035/viewer/2022062418/552fc134497959413d8d7e4a/html5/thumbnails/7.jpg)
http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão
ALIGN2D.top file in 1-3
![Page 8: Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.](https://reader035.fdocumentos.tips/reader035/viewer/2022062418/552fc134497959413d8d7e4a/html5/thumbnails/8.jpg)
http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão
Alinhando a sequência alvo com nossa sequência
Running ALIGN2D.top$rsh node ?$cd modeller$mod6v2 ALIGN2D.top
View alignment file file.ali$exit$pico file.ali
Time exec. ~1 min.
Arquivo: ALIGN2D.top
![Page 9: Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.](https://reader035.fdocumentos.tips/reader035/viewer/2022062418/552fc134497959413d8d7e4a/html5/thumbnails/9.jpg)
http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão
MODEL.top file in 1-3
![Page 10: Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.](https://reader035.fdocumentos.tips/reader035/viewer/2022062418/552fc134497959413d8d7e4a/html5/thumbnails/10.jpg)
http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão
Running MODEL.top$rsh node?$cd modeller$mod6v2 MODEL.top
View log file MODEL.log$exit$pico MODEL.log
(Time exec. ~5 min.)
Construção do modelo
Arquivo: MODEL.top
![Page 11: Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.](https://reader035.fdocumentos.tips/reader035/viewer/2022062418/552fc134497959413d8d7e4a/html5/thumbnails/11.jpg)
http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão
Avaliando o modelo com os dados do arquivo: MODEL.log(Avaliação Interna)
O melhor modelo é selecionado escolhendo o modelo com o menor valor de MODELLER Objective Function
Renomear o modelo selecionado de model para model.pdb
![Page 12: Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.](https://reader035.fdocumentos.tips/reader035/viewer/2022062418/552fc134497959413d8d7e4a/html5/thumbnails/12.jpg)
http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão
Selecionando o melhor modelo
![Page 13: Paula Kuser Falcão Modelagem por Homologia BLAST and Psi-BLAST Clustal W and X, MODELLER MODELLER6v2 MODELLER, SMS, PROCHECK.](https://reader035.fdocumentos.tips/reader035/viewer/2022062418/552fc134497959413d8d7e4a/html5/thumbnails/13.jpg)
http://www.cbi.cnpia.embrapa.br Paula Kuser Falcão
Avaliação do modelo com PROCHECK e SMS
Avaliação Externa
Avaliar o modelo no SMS Ramachandran Plot
Avaliar o modelo com PROCHECK $cd procheck $procheck (model.pdb) (resolution)
Transferir os arquivos .ps files e visualizar com GSview
Comparar modelo e arquivo pdb usando JPD no modo split screenLaunch Java Protein Dossier: http://bsgi.cbi.cnptia.embrapa.br/SMS/