Bioinformática IJulio ZukermanIgnez Caracelli
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Ignez Caracelli
BioMat – DF
Bancos de Dadosde Informação Estrutural
Julio Zukerman Schpector
LaCrEMM – DQ – UFSCar
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Macromoléculas Biológicas
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1as Estruturas 3D
Kendrew Mioglobina
Prêmio Nobel em 1962.
Perutz Hemoglobina
1957: baixa resolução 6 Å1959: alta resolução 2 Å
1957: baixa resolução 5.5 Å1968: alta resolução 2 Å
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Um pouco de história
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anos 1970
um grupo de jovens cristalógrafos, Edgar Meyer,Gerson Cohen e Helen Berman, reuniu esforços nosentido de estabelecer uma central de coordenadasde estruturas cristalográficas de moléculas biológicas
Protein Data Bank
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
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, 1
3 e
stru
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s
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, 7
0 e
stru
tura
s
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90
, 5
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est
rutu
ras
20
00
, 1
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04
est
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, 1
3 e
stru
tura
s
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, 1
6 e
stru
tura
s
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90
, 1
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s
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est
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ras
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19
, 2
.83
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stru
tura
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9,
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0.3
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est
rutu
ras
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, 7
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stru
tura
s
https://www.rcsb.org/stats/growth/overall
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Métodos Experimentais & Sistemas Estudados
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91% X-Ray
Experimental Method
Electron Microscopy
Multi Method
NMR
Other
X-Rayhttps://www.rcsb.org/stats/summary
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Estatísticas
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Estatísticas
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https://www.rcsb.org/stats
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Moléculas e representação
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coordenadas
obter dados
visualizar armazenar
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PDBSum
PDBsum foi criado em 1995 no University College London.
O PDBSum foi construído com uma forma mais resumida e com uma visualização gráfica mais imediata, permitindo consultar os resultados a uma simples vista
http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/
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03/19/2019
http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/
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NDB
Nucleic Acid Database - NDB , é um repositório de informações sobre ácidos nucléicos.
Em 27-Mar-2019 contém 10.103 estruturas, envolvendo o DNA, RNA, DNA-RNA e complexos de DNA com proteínas, vírus e outras moléculas.
http://ndbserver.rutgers.edu/
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http://ndbserver.rutgers.edu/
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DrugBank
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The DrugBank database is a unique bioinformatics and cheminformatics resource that combines detailed drug (i.e. chemical, pharmacological and pharmaceutical) data with comprehensive drug target (i.e. sequence, structure, and pathway) information.
http://www.drugbank.ca/
http://www.drugbank.ca/
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