GENETICA2014
PARTE I: NATURALEZA DEL MATERIAL GENETICOTeórica 2
Teórica anterior:
...ATGGTTCCATCCATCCTTCA
TCCTTCAAACTGCTGGGCTGGAC....
En vectores BAC (100-200.000pb)
Fragmentar los BACs y clonar
Secuencia final
PROYECTO GENOMA HUMANO (1990-2003)
DNA genómico
...ATGGTTCCATCCATCCTTCA AACTGCTGGGCTGGAC
FISH: hibridación fluorescente de un fragmento de BAC
Primer borrador feb 2001 50 años, abril 2003
N
PROYECTO GENOMA HUMANO (1990-2003)¿EL GENOMA DE QUIÉN SE SECUENCIÓ?
LA DIFERENCIA ENTRE LOS SERES HUMANOS ES DEL 0,1%
SORPRESA 1:
SNP:
Single nucleotide polymorphism
1-1000 pb
Organism The number of predicted genes
Part of the genome that encodes proteins (exons)
E.Coli (bacteria) 5000 90%
Yeast 6000 70%
Worm 18,000 27%
Fly 14,000 20%
Weed 25,500 20%
Human 30,000 < 5%
PORCENTAJE DEL GENOMA CODIFICANTE
The number of predicted genes
Part of the genome that encodes proteins (exons)
5000 90%
6000 70%
18,000 27%
14,000 20%
25,500 20%
50-80,000 < 5%
SORPRESA 2:NO PARECIERA HABER RELACIÓN ENTRE LA COMPLEJIDAD DEL INDIVIDUO Y EL NÚMERO
DE GENES!
????????
APARTIR DE ACA, CUALQUIERA CON UNA COMPUTADORA E INTERNET PUEDE ACCEDER A LA SECUENCIA DEL GENOMA
HUMANO
ggcgggaaacgcttagtgggtgtggggtcgcgcattttcttcaaccaggaggtgaggaggtttcgacatcggtgccgaaggagacgctgcagttggagagcgcggccgaggtcggcttcgtgcgcttctttcagggcatgccggagaagccgaccaccacagtgcgccttttcgaccggggcgacttctatacggcgcacggcgaggacgcgctgctggccgcccgggaggtgttcaagacccagggggtgatcaagtacatggggccggcaggagcaaaga
PROYECTO GENOMA HUMANO (1990-2003) SECUENCIACIÓN DEL GENOMA HUMANO
¿Y LOS GENES CUÁLES SON?
¿CUÁNTOS SON?
¿DÓNDE ESTÁN?
ORF
ATCCGTAGCTGGTGACTGACTTGGGACTGCATGGACTAGCCCTAG
ACGGTGGGATGGGCATGACATGACTAGCATAGACATAGACATAGACATAGACCTAGACATAGAC
GGCTAGCTAGGAAACTAGACATAGGACATGGACTAGACATTAAGACATAAAGCATAGA
Exon-intron
HAY 6 marcos POSIBLES..
Cual es el marco abierto??http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/
SNiPs
Single Nucleotide Polymorphisms
mas del 1%Uno cada 1000-1300 bases es un SNP
HapMaps: Proyecto Internacional HapMap
El objetivo del Proyecto Internacional HapMap es crear un mapa de haplotipos del genoma humano.
Qué es un haplotipo?
• un haplotipo es un conjunto de ”polimorfismos de un solo nucleótido” (SNPs) en un cromosoma particular que están estadísticamente asociados.
HapMaps
La construccion de HapMaps ocurre en 3 pasos: a-SNPs son identificados en el ADN de multiples individuos.b-SNPs adyacentes que se heredan “juntos” son compilados en un “haplotipo”.c-”Tag” SNPs dentro del haplotipo son los marcadores exclusivos que identifican a ese haplotipo “Tagging SNPs”
GWASGenome wide association study
GWASEs el análisis de variantes genéticas comunes en distintos individuos, a los efectos de evaluar si alguna variante se asocia con algún rasgo. GWAS se focaliza en asociaciones entre single-nuclceotide polymorphisms (SNPs) y rasgos de enfermedades prevalentes.
Estudios de asociación…
• Se busca saber si dos observaciones están asociadas verdaderamente o si su asociación es falsa.
• Para esto se usa la estadística
Cómo se planteanlos estudios?
Retrospective Study
Case-control study
CITOSINA TIMINA TOTAL
RASGO A (case)
45 5 50
RASGO B (control)
30 35 65
TOTAL 75 40 115
Observacion:
Hipotesis:
El SNP “Citosina” está asociado al rasgo A
Odds Ratio (OR)..\..\..\ESTADISTICA\Copia de CIcalculator.xlsx
Organización del material genético
Del ADN al cromosoma
error
Empaquetamiento
error
errorerror
CARIOTIPO DEL GENOMA HUMANO: los individuos di-ploides tienen cromosomas HOMOLOGOS
Cromosomashomologos
Por qué se empaqueta el ADN?
Para no perder material en las divisiones celulares
PARTES DE LA UNIDAD ESCTRUCTURAL CROMOSOMICA
CINETOCORO
HE
TER
OC
RO
MA
TIN
A
REPASO DE MITOSIS
REPASO DE MEIOSIS I
REPASO DE MEIOSIS II
Meiosis es fuente de variabilidad• En la meiosis hay 2 divisiones:
m I reductora: se separan cr homólogosm II equilibrada: se separan cromátides
(interesante: Hay COHESINA especifica de la meiosis que mantiene unidas las cromatides hermanas en m I y las MONOPOLINAS mantienen los cinetocoros hermanos orientados hacia el mismo polo para que se separen cr homologos.)
• En la profase de mI: Leptotene, cigotene, paquitene, diplotene y diacinesis.• Resultado: 4 células genéticamente distintas por: • Crossing Over • Distribución aleatoria de Cr homólogos
Recombinación homóloga en m I:• Ocurre antes de la separación de cromosomas homólogos en m I•Ocurre entre cromátidas no hermanas de cromosomas homólogos•La recombinación no-homóloga es muy dañina•Se requiere “espacio” (distancia) para generar la recombinación•No se producen nuevos alelos.•Se producen nuevas combinaciones de alelos