ESTUDO DE ALELOS E HAPLÓTIPOS DOS GENES HLA DE ORIGEM AMERÍNDIA, EM UMA

AMOSTRAGEM DA POPULAÇÃO MISCIGENADA BRASILEIRA.

Torres MA1, Cariani C2, Ferraz J2, Cervato M1, Mazzini A1, Pontes G1, Francisco RS11Hospital Israelita Albert Einstein - SP

2Genomika Diagnosticos _PE

INTRODUÇÃO

A população brasileira é fruto da miscigenação de africanos, europeus e ameríndios. Estudos clássicos do início dos anos 90 descreveram uma série de

alelos HLA-B encontrados apenas em populações sul-americanas. A maioria dos novos alelos de HLA-B foi originada por conversão gênica envolvendo alelos encontrados atualmente em populações do nordeste Asiático e nativas da América do Norte. Dessa forma, alelos do gene HLA-B seriam bons marcadores de haplótipos nativos do continente americano e sua presença poderia ser utilizada como um marcador de ancestralidade ameríndia.

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100%M

atc

h lik

elih

oo

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Race or ethnic group of searching patient for hematopoietic cell transplantation

8/8 HLA match ≥7/8 HLA match

Likelihood of finding matched unrelated adult donor

Range 66-97%: Available suitable match, by race/ethnic group, Be The Match Registry®

Gragert L, et al. N Engl J Med. 2014; 371(4): 339-348.

Tese Mestrado USP, 2009Rodrigo dos Santos Francisco

17th Annual IHIWS Workshop/Conference

Sept 6–10, 2017

Asilomar Conference Grounds

Pacific Grove, California

FAMILY HAPLOTYPE ANALYSIS

Maria Elisa Moraes_Margareth Torres

1 Stanford Blood Center - Histocompatibility, Immunogenetics & Disease Profiling Laboratory2 Hospital Albert Einstein – Laboratório de Histocompatibilidade, São Paulo , SP, Brazil3 JRM – Investigações Imunológicas – Rio de Janeiro – RJ, Brazil4 Laboratório de Imunogenética - Hospital Amaral Carvalho – Jau, SP, Brazil5 Laboratório de Imunogenética - INCA– Rio de Janeiro – RJ, Brazil

Maria Elisa Moraes3,4, Rodrigo dos Santos Francisco2, Marcelo Fernandez Viña1,

Kalyan Mallempati1, Kazutoyo Osoegawa1, Marcia Romero 4, Malvina Romero 4,

Matilde Romero 5 , Margareth Afonso Torres2,3,4.

BRAZILIAN MESTIZOS - BRATOR

FAMILY HAPLOTYPE ANALYSIS

BRAZILIAN MESTIZOS - BRATOR

Population Summary

Population name: Brazilian Mestizos

Labcode: BRATOR (BRAMOR, BRAROM, BRATOR)

Colection sites:

Jaú- São Paulo, SP – Brazil Rio de Janeiro – RJ - Brazil

Southeast Region Southeast Region

Latitude: 22º 17' 47" S Latitude: 22°55’S

Longitude: 43°9’W. Longitude: 48º 33' 28" W

Population totals:

Sample size (n) = 428

Allele counts (2n) = 856

Total loci in file = 11

Total loci with data = 11

BRAZILIAN MESTIZOS - BRATOR

Population Summary

Population name: Brazilian Mestizos

Labcode: BRATOR

Typing methods:

24 families were typed in Albert Einstein Laboratory – São Paulo, SP – Brazil byTruSight HLA v2 sequencing panel and the Assign™2.1 software - Illumina

43 families were typed in Stanford Blood Center Laboratory by MIA FORA – Immucor

The 67 families were pooled for final haplotype analysis (n=232 haplotypes)

BRAZILIAN MESTIZOS - BRATOR

Unique HLA-A/DQB1 amerindian haplotypes found in this group but veryfrequent in our unrelated database

OBJETIVOS

• O objetivo do presente estudo foi estudar haplótipos oriundos de populações nativas da América do Sul na população urbana brasileira.

Material e Métodos

• 708 amostras incluindo pacientes candidatos a transplante de células tronco-hematopoiéticas e doadores, no período de 16/05/2017 a 30/04/2018, oriundos principalmente do estado de São Paulo, Brasil

• Tipificação HLA incluindo os loci HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DPB1, HLA-DQB1, HLA-DRB1, HLA-DRB3, HLA-DRB4 e HLA-DRB5 alta resolução através de sequenciamento de nova geração (NGS) gerados com o painel TruSight V2 (Illumina)

• Bibliotecas foram sequenciadas no equipamento MiSeq ( Illumina)e os genótipos foram determinados utilizando o software Assign™2.1.

• As frequências alélicas e haplotípicas, equilíbrio de Hardy-Weinberg e determinação do padrão de desequilíbrio de ligação entre os loci foram determinados utilizando o software PyPop versão 8.

Resultados

• Os alelos do locus HLA-B de origem ameríndia mais comuns foram: B*15:04 (0,99%), B*40:04 (0,91%), B*35:05 (0,85%), B*35:04 (0,78%), B*39:13 (0,77%), B*48:02 (0,70%), B*39:06 (0,63%), B*15:20 (0,57%),B*39:03(0,57%), B*39:05 (0,57%), B*35:20 (0,28%), B*15:08 (0,07%), B*35:11 (0,07%),

• Para fins de comparação, os alelos mais comuns encontrados nessa amostragem foram: B*51:01(7,2%), B*44:03 (6,7%) e B*07:02 (6%), todos comuns de populações de origem europeia.

Resultados

• As frequências dos haplótipos ameríndios envolvendo os loci HLA-B/HLA-C/HLA-DRB1 mais comuns foram:

• B*40:04/C*03:04/DRB1*04:11(0,77%),

• B*15:04/C*03:03/DRB1*16:02 (0,70%),

• B*48:02/C*04:01/DRB1*09:01 (0,63%)

• B*39:09/C*07:02/DRB1*08:02 (0,42%).

os haplótipos mais comuns encontrados foram:

B*08:01/C*07:01/DRB1*03:01 (3,6%),

• B*07:02/C*07:02/DRB1*15:01 (2,4%)

• B*44:03/C*16:01/DRB1*07:01 (2,3%).

Obrigada !!!!!!

margareth.torres@einstein.br