+

BioinformáticaAnálise Funcional

Gabriel da Rocha FernandesUniversidade Católica de Brasília

gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com

+Objetivos

2

nIdentificar as funções dos genes.

nCaracterizar os processos celulares.

nMapear em vias metabólicas.

nElucidar o funcionamento do organismo.

+Ferramentas

nFerramenta de alinhamento:n BLASTn HMMER

nBase de dados:n COGn KEGG Orthologyn PFamn Gene Ontology

3

+Dicas

nProcurar por Hits que tenham descrição clara.n Evitar: hypothetical protein, putative..

nBuscar em várias bases de dados.n Aumentar a quantidade de entradas anotadas.n Hits não identificados em uma base podem ser anotados por outra.

nObservar a cobertura do alinhamento.n BLAST faz alinhamento local.n Não classificar uma proteína como um todo baseado apenas em

alinhamento a um unico domínio.

4

+Processo

5

270!!Predição dos genes!

270!!BLAST! Base de dados!

+Blast2GO

6

+KEGG Mapper

7

+iPath

npathways.embl.de

8

+Pfam

9