Como Python pode ajudar a automatizar seu laboratório

Marcel Caraciolo

Novembro, 2014

Laboratório de análises clínicas que oferece os mais modernos testes genéticos para diagnóstico de doenças raras e tumores.

Para isto usamos seu DNA!

Para isto usamos seu DNA!

Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?

Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?

Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?

Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?

NextGen Sequencing

NextGen Sequencing

NextGen Sequencing

Tamanho

Volume

O que é bioinformática ?

Significado

Significado

Significado

Significado

Significado

Significado

Variant Analysis

Variant Analysis

Variant Analysis

Como Python pode nos ajudar ?

Como Python pode nos ajudar ?

Orquestrador de pipelines para análise de variantes em ambientes de sequenciamento

clínico

Como Python pode nos ajudar ?

Como Python pode nos ajudar ?

Análise de Variantes

Gestão Laboratorial

Sim, usamos Windows.

Sim , sofremos algumas vezes.

Sim , sofremos algumas vezes.

LMS

Sistemas de gerenciamento de laboratório para processos de coleta, atendimento, cadastro,

faturamento, liberação de laudos, etc

http://en.wikipedia.org/wiki/Laboratory_information_management_system

It comes Python and Django!

It comes Python and Django!

Melhor parte !

I can’t forget Flask!

Sistemas de notificação de amostras, laudos e internos.

Não há wikipedia para isto.

I can’t forget Flask!

Infra-Estrutura

Servidores, rede, etc.

Servidores de armazenamento, NAS, servidores para processamento, xenserver, virtualização,

etc.

Já é claro de entender!

xenserver

1. 10 VM’s distribuídas em Darwin ,Mendel e Fisher

3. Debians, Windows Servers, Centos, etc.

backup , backup, monitor.

Python nos ajudou a montar as rotinas de backup!!

subprocess I love you!

Para quem não entendeu o que o subprocess faz ainda….

https://docs.python.org/2/library/subprocess.html

>>> subprocess.check_output(["echo", "Hello World!"]) 'Hello World!\n'

Desafios1. Flask, Python, javascript, shell e python.

Open-Source

biopandasFerramentas para análise de dados genômicos com Python e pandas

Para quem não conhece o pandas ?

Para quem não conhece o pandas ?

Como posso começar na área de bioinformática já ?

Tales of Genome (Udacity)Curso On-line gratuito sobre Genética (bem completo!)

RosalindDesafios de Python na área de bioinformática

rosalind.info/

Broad workshopsVariant analysis; sequencing pipelines, etc.

https://www.broadinstitute.org/partnerships/education/broade/broad-workshops/

Trabalhe conosco!github.com/genomika/jobs

PS: Sim, usamos php!https://www.mediawiki.org/wiki/MediaWiki

Como Python pode ajudar a automatizar o meu

laboratórioMarcel Caraciolo

Novembro, 2014

marcel@genomika.com.br