Empreendedorismo Feminino - "Como automatizar a nossa rotina?"
Como Python ajudou a automatizar o nosso laboratório v.2
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Como Python pode ajudar a automatizar seu laboratório Marcel Caraciolo Novembro, 2014
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Apresentação realizada no XXXV encontro de python do grupo de usuários de pernambuco.
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Como Python pode ajudar a automatizar seu laboratório
Marcel Caraciolo
Novembro, 2014
Laboratório de análises clínicas que oferece os mais modernos testes genéticos para diagnóstico de doenças raras e tumores.
Para isto usamos seu DNA!
Para isto usamos seu DNA!
Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?
Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?
Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?
Para quem não entendeu lembra do Angelina Joulie effect ?
NextGen Sequencing
NextGen Sequencing
NextGen Sequencing
Tamanho
Volume
O que é bioinformática ?
Significado
Significado
Significado
Significado
Significado
Significado
Variant Analysis
Variant Analysis
Variant Analysis
Como Python pode nos ajudar ?
Como Python pode nos ajudar ?
Orquestrador de pipelines para análise de variantes em ambientes de sequenciamento
clínico
Como Python pode nos ajudar ?
Como Python pode nos ajudar ?
Análise de Variantes
Gestão Laboratorial
Sim, usamos Windows.
Sim , sofremos algumas vezes.
Sim , sofremos algumas vezes.
LMS
Sistemas de gerenciamento de laboratório para processos de coleta, atendimento, cadastro,
faturamento, liberação de laudos, etc
http://en.wikipedia.org/wiki/Laboratory_information_management_system
It comes Python and Django!
It comes Python and Django!
Melhor parte !
I can’t forget Flask!
Sistemas de notificação de amostras, laudos e internos.
Não há wikipedia para isto.
I can’t forget Flask!
Infra-Estrutura
Servidores, rede, etc.
Servidores de armazenamento, NAS, servidores para processamento, xenserver, virtualização,
etc.
Já é claro de entender!
xenserver
1. 10 VM’s distribuídas em Darwin ,Mendel e Fisher
3. Debians, Windows Servers, Centos, etc.
backup , backup, monitor.
Python nos ajudou a montar as rotinas de backup!!
subprocess I love you!
Para quem não entendeu o que o subprocess faz ainda….
https://docs.python.org/2/library/subprocess.html
>>> subprocess.check_output(["echo", "Hello World!"]) 'Hello World!\n'
Desafios1. Flask, Python, javascript, shell e python.
Open-Source
biopandasFerramentas para análise de dados genômicos com Python e pandas
Para quem não conhece o pandas ?
Para quem não conhece o pandas ?
Como posso começar na área de bioinformática já ?
Tales of Genome (Udacity)Curso On-line gratuito sobre Genética (bem completo!)
RosalindDesafios de Python na área de bioinformática
rosalind.info/
Broad workshopsVariant analysis; sequencing pipelines, etc.
https://www.broadinstitute.org/partnerships/education/broade/broad-workshops/
Trabalhe conosco!github.com/genomika/jobs
PS: Sim, usamos php!https://www.mediawiki.org/wiki/MediaWiki
Como Python pode ajudar a automatizar o meu
laboratórioMarcel Caraciolo
Novembro, 2014
