ICB –USPDisciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças
ParasitáriasJaques Franco
Plataforma SOLiD
Carvalho et al ,2010
Andreonte ,2011.
Base -code Color-code
ATGTCGTGCTGCCGAGCGGAGGTGAATGAGCCAGTAACTCCCAGCTCCGCTTCATCATTGGAGTCTGACG
T012301123321023021123021001232332
ABI-SOLiDIllumina-SolexaRoche-454
c c
SOLiD 4 SOLiD 5500
Reação é catalisada por uma DNA ligase
Nesse método os fragmentos de DNA são gerados e ligados aos adaptadores P1 e P2 que se ligam especificamente a uma microesfera
Ciclo de hibridização a cada
35pb
Código 0 1 2 3
Fluorocromos
FAM Cy3 TXR Cy5
AA AC AG AT
CC CA GA TA
GG GT CT CG
TT TG TC GC
Saída do SequenciadorOs arquivos que representam as sequências obtidas estão no formato “csfasta”.
Valor da qualidade associada a cada transição de base das sequências lidas estão no formato “qual”.
Pipeline De novo
É um conjunto de softwares utilizados para montagens de genomas onde não se conhece a referência, ele faz a montagem dos “reads” e gera sequências maiores como contigs e scaffolds.
Limitações
1.Leituras curtas de 35 pares de bases
2. Regiões repetitivas
3. Construção de bibliotecas
4. Custo das máquinas
5. Erros de montagem
6. Processamento, análise e interpretação de
dados
8. DNA barcode
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