1
EVOLUÇÃOEVOLUÇÃOunesp Agronomia
Ilha Solteira, SP2º Semestre/2010
Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho"Faculdade de Engenharia de Ilha Solteira
Departamento de Fitotecnia, Tecnologia de Alimentos e Sócio-Economia
Disciplina:
Prof. : Mario Luiz Teixeira de Moraes
COLABORADORES:
Alexandre Marques da SilvaMarcela Aparecida de Moraes
Selma Maria Bozzite Moraes
2
Aula: 29/10/2009
DISTÂNCIAS GENÉTICAS
3
DERIVA
BASE GENÉTICA
POPULAÇÃOPOPULAÇÃO
FLUXO GÊNICO
SELEÇÃO
BASE GENÉTICA
MUTAÇÃO
FATORES EVOLUTIVOS
4
ATRIBUTOS DA DISTÂNCIA GENÉTICAATRIBUTOS DA DISTÂNCIA GENÉTICA
ser métrica;
utilizar frequências alélicas para seu cálculo; refletir predomínio dos fatores de NATUREZA
GENÉTICA sobre os fatores ambientais que estão sendo avaliados.
5
ATRIBUTOS DA DISTÂNCIA GENÉTICAATRIBUTOS DA DISTÂNCIA GENÉTICA
Medida de distância calculada a partir de dados fenotípicos pode ser de NATUREZA GENÉTICA
Magnitude dos coeficientes de herdabilidade ou repetibilidade poderá ser utilizada para inferir sobre a NATUREZA GENÉTICA ou não da medida de distância empregada
6
ATRIBUTOS DA DISTÂNCIA GENÉTICAATRIBUTOS DA DISTÂNCIA GENÉTICA
Natureza Genética depende:
Do tipo de dado empregado em seu cálculo (se fenotípico, isoenzimático ou de DNA);
Do modo como foram gerados esses dados (Distância Generalizada de Mahalanobis).
7
DISTÂNCIAS GENÉTICASDISTÂNCIAS GENÉTICASLOCO: LAP
ALELOSPOP N 1 2
A 33 0,47 0,53 = ?B 42 0,78 0,22 = ?
75 = ? = ? = ? = ? = ?
= ? = ?
1p
STST DHH
)1(
2
II
IST pp
F222III pp
ID lnBA
AB
JJJI
.
em que:
em que:
2p21p 2
2p21
22
AH
BH
TH
em que:
GGSTST = D = DSTST/H/HTT
8
DIVERSIDADE GENÉTICA
(NEI, 1973)
ALELOS
POP N 1 2
A 33 0,47 0,53 AH = ?
B 42 0,78 0,22 BH = ?
75 1p = ? 2p = ? TH = ?
9
DIVERSIDADE GENÉTICA (NEI, 1973)
ALELOS
POP N 1 2
A 33 0,47 0,53 AH = ?
B 42 0,78 0,22 BH = ?
75 1p = ? 2p = ? TH = ?
1p = [(33 x 0,47)+(42 x 0,78)]/75 1p = 0,64
2p = [(33 x 0,53)+(42 x 0,22)]/75 2p = 0,36
10
DIVERSIDADE GENÉTICA (NEI, 1973)
ALELOS
POP N 1 2
A 33 0,47 0,53 AH = ?
B 42 0,78 0,22 BH = ?
75 1p = 0,64 2p = 0,36 TH = ?
TH = 1 – [(0,64)2 + (0,36)2] TH = 0,46
11
DIVERSIDADE GENÉTICA (NEI, 1973)
ALELOS
POP N 1 2
A 33 0,47 0,53 AH = ?
B 42 0,78 0,22 BH = ?
75 1p = 0,64 2p = 0,36 TH = 0,46
AH = 1 – [(0,47)2 + (0,53)2] AH = 0,50
BH = 1 – [(0,78)2 + (0,22)2] BH = 0,34
12
DIVERSIDADE GENÉTICA
(NEI, 1973)
ALELOS
POP N 1 2
A 33 0,47 0,53 AH = 0,50
B 42 0,78 0,22 BH = 0,34
75 1p = 0,64 2p = 0,36 TH = 0,46
HS =
DST = GST =
13
DIVERSIDADE GENÉTICA
(NEI, 1973)
ALELOS
POP N 1 2
A 33 0,47 0,53 AH = 0,50
B 42 0,78 0,22 BH = 0,34
75 1p = 0,64 2p = 0,36 TH = 0,46
HS = [(33 x 0,50) + (42 x 0,34)]/75 HS = 0,41
STST DHH
T
STST H
DG
DST = HT – HS DST = 0,46 – 0,41 DST = 0,05
T
STST H
DG GST = 0,05/0,46 GST = 0,11
14
DISTÂNCIA GENÉTICADISTÂNCIA GENÉTICA de Nei, 1973 de Nei, 1973 ((GGSTST = D = DSTST/H/HTT))
Variação GenéticaVariação Genética
Entre (11%) Dentro (89%)Dentro (89%)
15
DISTÂNCIA GENÉTICADISTÂNCIA GENÉTICA de Hedrick, 2005 de Hedrick, 2005
Variação GenéticaVariação Genética
Entre (26,29%) Dentro (73,71%)Dentro (73,71%)
SSSTST HHGG 11'
16
DISTÂNCIA GENÉTICADISTÂNCIA GENÉTICA de Nei, 1972de Nei, 1972 ((D = -lnID = -lnI))
LOCO: LAPALELOS
POP N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22
75
ID lnBA
AB
JJJI
.em que:
17
DISTÂNCIA GENÉTICA de DISTÂNCIA GENÉTICA de Nei, 1972 (Nei, 1972 (D = -lnID = -lnI))
_____________________
ALELOSALELOSPOP N 1 2POP N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22 75
BA
AB
J.JJI
18
PROBABILIDADE DE ESCOLHA DE DOIS PROBABILIDADE DE ESCOLHA DE DOIS GENES IDÊNTICOS EM UMA POPULAÇÃOGENES IDÊNTICOS EM UMA POPULAÇÃO
iBiAAB
iBB
iAA
p.pJ;pJ;pJ
2
2
19
JA = (0,47)2 + (0,53)2 JA = 0,5018
JB = (0,78)2 + (0,22)2 JB = 0,6568
JAB = (0,47).(0,78) + (0,53).(0,22) JAB = 0,4832
I = JAB/√(JA.JB) I = 0,8417
D = -lnln 0,8417 D = -(-0,1724) D = 0,1724
DISTÂNCIA GENÉTICA de DISTÂNCIA GENÉTICA de Nei, 1972 (Nei, 1972 (D = -lnID = -lnI))
20
DISTÂNCIAS GENÉTICASDISTÂNCIAS GENÉTICASLOCO: LAP
ALELOSPOP N 1 2
A 33 0,47 0,53 = ?B 42 0,78 0,22 = ?
75 = ? = ? = ? = ? = ?
= ? = ?
1p
)1(
2
II
IST pp
F222III pp em que:
2p21p 2
2p21
22
AH
BH
TH
em que:
21
DISTÂNCIA GENÉTICA de DISTÂNCIA GENÉTICA de Wright, 1978Wright, 1978
)1(
2
II
IST pp
F
em que:
222III pp
22
Média Ponderada do quadrado da Média Ponderada do quadrado da freqfrequência alélicauência alélica
_______________ ALELOSALELOSPOP N 1 2POP N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22 75
75
7804247033 2221
,.,.p
4379021 ,p
23
Média Ponderada do quadrado da Média Ponderada do quadrado da freqfrequência alélicauência alélica
_______________ ALELOSALELOSPOP N 1 2POP N 1 2
A 33 0,47 0,53
B 42 0,78 0,22 75
75
2204253033 2222
,.,.p
1507022 ,p
24
Variância de cada alelo entre as Variância de cada alelo entre as populaçõespopulações 222
III pp
023706436043790
21
221
21
21
21
,,,
pp
25
Variância de cada alelo entre as Variância de cada alelo entre as populaçõespopulações 222
III pp
023703564015070
22
222
22
22
22
,,,
pp
26
Soma das Variâncias de todos os Soma das Variâncias de todos os alelosalelos
047400237002370
2
2
,,,
27
Cálculo deCálculo de ii pp 1
458802294022940
3564013564064360164360111 2211
,,,
,,,,pppppp ii
28
DISTÂNCIA GENÉTICA de DISTÂNCIA GENÉTICA de Wright, 1978Wright, 1978
)1(
2
II
IST pp
F
1032,04588,00474,0
STST FF
29
DISTÂNCIA GENÉTICADISTÂNCIA GENÉTICAWEIR (1990) - ANOVAWEIR (1990) - ANOVA
AA = 5Aa = 21aa= 7
AA = 26Aa = 14aa = 2
Pop A Pop B
30
DISTÂNCIA GENÉTICADISTÂNCIA GENÉTICAWEIR (1990) - ANOVAWEIR (1990) - ANOVA
FVFV QMQM E(QM)E(QM)
POPULAÇÕES (POP) Q1
FAMÍLIAS(FAM)/POP Q2
INDIVÍDUOS(IND)/FAM/POP Q3
GEN/IND/FAM/POP Q42g
22 2 ig
21
22 2 fig k
23
22
22 2 pfig kk
31
DISTÂNCIA GENÉTICADISTÂNCIA GENÉTICAWEIR (1990) - ANOVAWEIR (1990) - ANOVA
22222 ˆˆˆˆˆ pfigt
32
DISTÂNCIA GENÉTICADISTÂNCIA GENÉTICAWEIR (1990) - ANOVAWEIR (1990) - ANOVA
2
2
ˆˆˆt
pst
33
REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICASREFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS
CRUZ, C.D.; VIANA, J.M.S.; CARNEIRO, P.C.S. Genética Volume II GBOL – Software para ensino e aprendizagem de genética. Viçosa: UFV, 2001. 475p.DIAS, L.A.S. Análises multidimensionais. In: ALFENAS, A.C. Eletroforese de isoenzimas e proteínas afins: fundamentos e aplicações em plantas e microrganismos. Viçosa: UFV, p.405-512, 1998.DIAS, L.A.S. Variância de freqüências alélicas. In: ALFENAS, A.C. Eletroforese de isoenzimas e proteínas afins: fundamentos e aplicações em plantas e microrganismos. Viçosa: UFV, p.381-404, 1998.FREIRE-MAIA, N. Genética de populações humanas. São Paulo: Editora da Universidade de São Paulo, 1974. 216p.FUTUYMA, D.J. Biologia evolutiva. Trad. VIVO, M. e Coord. SENE, F.M. Sociedade Brasileira de Genética/CNPq, Ribeirão Preto, 1992. 631p.HAMRICK, J.L. The distribution of genetic variation within and among natural plant populations. In: SCHONEWALD-COX, C.M.; CHAMBERS, S.M.; MACBRYDE, B.; THOMAS, W.L. (Ed.) Genetic and conservation. Menlo Park, The Benjamin/Cummings, 1983. p.335-48.HEDRICK, P.W. A standardized genetic differentiation measure. Evolution, Lancaster, v.59, n.8, p.1633-1638, 2005.LYNCH, M. & WALSH, B. Genetics and analysis of quantitative traits. Sunderland: Sinauer Associates, Inc. Publishers, 1998. 980p.HARTL, D.L. & CLARK, A.G. Principles of population genetics. Sunderland: Sinauer Associates. 1989. 682p.MORAES, M.L.T. Variabilidade genética por isoenzimas e caracteres quantitativos em duas populações naturais de aroeira Myracrodruon urundeuva F.F. & M.F. Allemão – Anacardiaceae (Syn: Astronium urundeuva (Fr. Allemão) Engler). Piracicaba, 1992. 139p. (Doutorado – ESALQ/USP).NEI, M. Analysis of gene diversity in subdivided populations. PROCEEDING OF THE NATIONAL ACADEMIC OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, Washington, 70:3321-23, 1973.NEI, M. Genetic distance between populations. American Naturalist, Lancaster, 106:283-92, 1972.VENCOVSKY, R. Análise da avariância de frequências alélicas. In: CONGRESSO LATINO AMERICANO DE GENÉTICA, 10 Rio de Janeiro, 1992. Proceedings, Revista Brasileira de Genética. Suplemento 1; Ribeirão Preto, v.15, n.1, p.53-60, 1992.WEIR, B.S. Genetic data analysis: Methods for discrete population genetic data. Sunderland, Sinauer Associates, Inc. Publishers, 1990. 377p.WRIGHT, S. Variability within and among natural populations. Chicago, University of Chicago Press, 1978. v.4, 579p. (Evolution and genetics of populations).
Top Related