Uso do

para Visualização e Análise de Redes

Leandro de A. LimaDoutorando Bioinfo-USPLab. de Bioinformática e Bioestatística(Hospital A.C. Camargo)

O que é o CytoscapeCytoscape é um software de bioinformática de código aberto para visualização de redes de interação molecular e vias metabólicas, além de integrar essas redes com anotações, perfis de expressão gênica e outros tipos de dados.

> Das pesquisa biológicas para um uso geral

> Ferramentas por padrão e por plugins (qualquer pessoa pode fazer e disponibilizar)

Instituições mantenedoras

Diretores

Motivos para usar (I)Suporta vários formatos

Acesso bancos de dados públicos da web

Salva sua sessão

Interoperabilidade

Motivos para usar (II)

VizMapper™

Exporta imagens em vários formatos

Motivos para usar (III)Vários layouts Busca fácil (* | ?)

Filtros nos atributos de nós e arestas

Motivos para usar (IV)Encontra clusters

Fácil controle e instalação de plugins

Algumas estatísticas

- 1ª versão pública: julho de 2002 (v. 0.8)

- Centenas de citações

- 40.000+ usuários ~> 350.000+ downloads de plugins

- Mais de 100 plugins

- Versão em novembro de 2011: v. 2.8.2

Desenvolvimento de plugins- Fácil desenvolvimento (tutorial / modelos / wiki)http://wiki.cytoscape.org/cytoscape_developer_tutorialhttp://wiki.cytoscape.org/

Cytoscape Web - API para web- Visualização de redes na web (Flash + JavaScript)http://cytoscapeweb.cytoscape.org/

> Redes carregadas via código

HTML/JavaScript em formato json ou xml

> Possibilidade de relacionar estilos

a atributos

Alguns plugins

- FunNetViz

- APID2NET: conexão com bancos de dados públicos (interatomas/Gene Ontology)

- NetworkAnalyzer

- Venn

Algumas funções (demonstração)

- Mudar cor de vários nós

- Importar atributos de várias tabelas- Tentar criar uma rede e importar atributos do APID p/ pegar GOs

- Filtros (nós/arestas)

- Integrar funções de diferentes plugins