Farmacologia 09 fármacos que agem no snc e snp - med resumos (dez-2011)
Seleção genômica - WordPress.com– ñSNP + animais com dados – Equação de predição • 2....
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Seleçãogenômica
FabioLuizBuraneloToral
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Gene8cs157:1819–1829(April2001)
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Definição
• Seleçãogenômicaéumaformaalterna8vadeseleçãoassis8dapormarcadores(MAS),naqualmarcadoresgené8cosdistribuídosaolongodetodoogenomasãou8lizadosetodososQTLsestãoemdesequilíbriodeligaçãocompelomenosummarcador(GoddardeHayes,2007).
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Genome56:592–598(2013)dx.doi.org/10.1139/gen-2013-0082
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ProdutoscomerciaisdisponíveisProduto Empresa NúmerodeSNPs Custo
BovineSNP50v2.0DNAAnalysisBeadChip Illumina 54.609 ...
BovineHDDNAAnalysisBeadChip Illumina 777.000 ...
OvineSNP50BeadChip Illumina 54.241 ...
PorcineSNP60DNAAnalysis Illumina 65.000 ...
Ingenity-Elite(dairycacle) Neogen 78.000 ...
Ingenity-Prime(dairycacle) Neogen 26.000 ...
Axiom®SalmonGenotypingArray Affymetrix 130.000 ...
Axiom®TroutGenotypingArray Affymetrix 57.000 ...
... ... ... ...
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Análisedosdadosdegeno8pagem
• Usarosmarcadoresparadeduzirosgenó8posdecadaQTL
• Es8marosefeitosdecadaQTLsobreascaracterís8casdeinteresse
• SomarosefeitosdecadaQTLparaobterosvaloresgené8cosgenômicos(GEBV)
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MarcadoresxQTLs
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Singlenucleo8depolymorphism(SNP)
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MarcadoresxQTLs
• ProporçãodavariânciadosQTLsexplicadapelosmarcadores– Distânciaentrelócus– Fasedeligação
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Efeitomédiodesubs8tuição
Representação gráfica dos valores genolpicos (círculos fechados), e valores gené8cos (círculosabertos),dosgenó8posemumlócuscomdoisalelos,A1eA2,comfrequênciaspeq.Horizontal:númerodealelosA1.Escalasdoseixosver8cais:esquerda–valoresarbitrários;direita–desvioemrelaçãoàmédiapopulacional(d=(3/4)a;q=1/2).AdaptadodeFalconereMackay(1996),pág.117.
a=valorgenolpicodohomozigotod=valorgenolpicodoheterozigoto
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Efeitomédiodesubs8tuição
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Obtençãodosvaloresgené8cosgenômicos
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ImplementaçãodaGS• 1.populaçãodedescoberta
– ñSNP+animaiscomdados– Equaçãodepredição
• 2.populaçãodevalidação– SNP+animaiscomdados– Testaraequaçãodepredição(acurácia)
• 3.populaçãodeseleção– SNP
Popu
laçãode
referência
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Implementaçãodaseleçãogenômica
Populaçãodedescoberta
Genó8pos+Fenó8posEquaçãodepredição
Populaçãodevalidação
Genó8pos+Fenó8posAcuráciadaequação
Populaçãodeseleção
Genó8pos
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15
Figura 1. A model for the implementation of genomic selection indicating the purposes to which the individuals within the training, validation and implementation populations are used. (Taylor, Aquaculture 2014, 420-421: S8-S14, doi: 10.1016/j.aquaculture.2013.02.017).
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Alterna8vasparau8lizaçãodedadosgenômicos
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Estudosdeassociaçãoampla(GWAS)
Manhacan plot of GWAS for bovine carcass weight (Fonte: Nishimura et al., 2012, BMCGene8cs,13:40)
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Estudosdeassociaçãoampla(GWAS)
• Santanaetal.(2015):iden8ficaramregiõesgenômicasrelacionadascomcaracterís8casdecarcaçaemNelore– Sínteseedegradaçãodeproteínas– Obesidadeealteraçõesnometabolismo(pâncreas,diabetes)
– Adesãocelular– Metabolismodelipídeos
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Estudosdeestruturapopulacional
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Figure5.Worldwidemapwithcountryaveragesofancestrypropor@onswith3ancestralpopula@ons(K=3).
DeckerJE,McKaySD,RolfMM,KimJ,MolinaAlcaláA,etal.(2014)WorldwidePacernsofAncestry,Divergence,andAdmixtureinDomes8catedCacle.PLoSGenet10(3):e1004254.doi:10.1371/journal.pgen.1004254hcp://journals.plos.org/plosgene8cs/ar8cle?id=info:doi/10.1371/journal.pgen.1004254
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Figure6.Ancestrymodelswith3ancestralpopula@ons(K=3).
DeckerJE,McKaySD,RolfMM,KimJ,MolinaAlcaláA,etal.(2014)WorldwidePacernsofAncestry,Divergence,andAdmixtureinDomes8catedCacle.PLoSGenet10(3):e1004254.doi:10.1371/journal.pgen.1004254hcp://journals.plos.org/plosgene8cs/ar8cle?id=info:doi/10.1371/journal.pgen.1004254
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MapadasposiçõesdosSNPsnoscromossomos7(A),14(B),18(C)e23(D)comefeitossignifica8vosparacaracterís8casdeprodução,saúdeereproduçãoemgadoHolandês(USA).Fonte:AdaptadodeColeetal.(2011).
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MapadasposiçõesdosSNPsnoscromossomos7(A),14(B),18(C)e23(D)comefeitossignifica8vosparacaracterís8casdeprodução,saúdeereproduçãoemgadoHolandês(USA).Fonte:AdaptadodeColeetal.(2011).
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Consideraçõesfinais
• Avaliaçãogené8ca– Caracterís8casdedi{cilmensuração– Caracterís8casmedidastardiamente
• Cálculodeparentesco• Planejamentodeacasalamentos• Iden8ficaçãoderegiõesimportantes• Redefiniçãodosplanosdemelhoramentodealgumasespécies