Introdução à Documentação do PubMed Central (PMC) para Marcação de Artigos Científicos em...
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Introdução à Documentação do PubMed Central (PMC) para
Marcação de Artigos Científicos em XML
Viviane Neves dos Santos
Biblioteca MZ-USP
Contato: [email protected]
Introdução
PMC SciELO
Preservação Geração de Indicadores
Texto completo Texto completo
DTD PMC DTD PMC + Tags SciELO
Objetivos
• PubMed Central (PMC)
• Documentação PMC
• Introdução à estrutura do XML PMC
PubMed Central (PMC)
• texto completo em livre acesso
• coletar e preservar a literatura
• Ciências Biomédicas e da Vida
• lançada em 2000
• National Center for Biotechnology Information (NCBI), U.S. National Library of Medicine (NLM)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
Documentação PMC
Journal Article Tag Suite
(JATS)
ANSI/NISO Z39.96-2012
Journal Archiving and Interchange
Journal Publishing
Article Authoring
JATS-Con
Documentação PMC
• Journal Article Tag Suite (JATS)
(http://jats.nlm.nih.gov/index.html)
• Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con)
(http://jats.nlm.nih.gov/jats-con/ )
• Journal Publishing Tag Set
(http://jats.nlm.nih.gov/publishing/)
Documentação PMC
Journal Article Tag Suite (JATS) http://jats.nlm.nih.gov/index.html
Documentação PMC
Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) http://jats.nlm.nih.gov/jats-con
Documentação PMC
Journal Publishing Tag Set http://jats.nlm.nih.gov/publishing
Atual
- ago. 2012 - NISO JATS Version 1.0: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/1.0/
Anteriores
- mar. 2011 - NISO/JATS Version 0.4: http://jats.nlm.nih.gov/publishing/0.4/
- nov. 2008 - NLM Version 3.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/3.0/
- mar. 2007 - NLM Version 2.3: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.3/
- jun. 2006 - NLM Version 2.2: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.2/
- set. 2005 - NLM Version 2.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.1/
- nov. 2004 - NLM Version 2.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/2.0/
- nov. 2003 - NLM Version 1.1: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.1/
- mar. 2003 - NLM Version 1.0: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/1.0/
Documentação PMC Histórico das Versões Lançadas da DTD
• Journal Publishing Tag Library NISO JATS Version 1.0 - http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/
• PubMed Central Tagging Guidelines - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/article/style.html
• PubMed Central Citations - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/citations/v3/toc.html
Documentação PMC O que é importante conhecer? Biblioteca de
elementos e atributos
Regras de Marcação de
Artigos
Amostras de Referências Marcadas
Documentação PMC
Journal Publishing Tag Library NISO JATS Version 1.0
http://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.0/
Documentação PMC
PubMed Central Tagging Guidelines http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-
guidelines/article/style.html
Documentação PMC
PubMed Central Citations http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-
guidelines/citations/v3/toc.html
XML PMC Declaração do DOCTYPE
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330//EN" "JATS-journalpublishing1.dtd">
Versão anterior (NLM 3.0)
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD Journal Publishing DTD v3.0 20080202//EN" "journalpublishing3.dtd">
Versão atual (JATS 1.0)
XML PMC Macroestrutura
Article
Front
Body
Back
Floats Group
Sub-article e Response
Metadados Periódico (journal-meta) e Artigo (article-meta)
Estruturas do texto (seções, parágrafos, links, figuras, material suplementar, tabelas etc.)
Agradecimentos, referências, notas de rodapé, apêndices etc.
Grupo de objetos não referenciados no texto (tabelas, figuras etc).
Estruturas de artigo dentro do artigo (cartas, resumos, artigo com comentário, carta e resposta).
XML PMC Estruturas de Bloco
• Array - <array>
• Boxed Text - <boxed-text>
• Chemical Structure Wrapper - <chem-struct-wrap>
• Figure - <fig>
• Figure Group - <fig-group>
• Supplementary Material - <supplementary-material>
• Table Wrapper - <table-wrap>
• Table Wrapper Footer - <table-wrap-foot>
• Table Wrapper Group - <table-wrap-group>
• Formula - <disp-formula>
• Definition List - <def-list>
• List - <list>
• Quote - <disp-quote>
• Speech - <speech>
• Formal Statement - <statement>
• Verse Form for Poetry - <verse-group>
XML PMC Exemplo de Artigo
FREE, Caroline. The effectiveness of mobile-health technology-based health behaviour change or disease management interventions for health care consumers: a systematic review. PLoS Medicine, v. 10, n. 1, e1001362, Jan. 2013.
PUBMED:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3548655/
PLOS: http://www.plosmedicine.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pmed.1001362
XML PMC Article
Início
Fim
Idioma do Artigo
Versão da DTD Tipo
XML PMC Front
Início
Fim Metadados do Periódico
Metadados do Artigo
XML PMC Front: Journal Metadata
Início
Fim
XML PMC Front: Article Metadata
Seção
XML PMC Front: Article Metadata
Referência Cruzada Autor/Afiliação
Referência Cruzada Autor/Nota de
Correspondência
Autor
XML PMC Front: Article Metadata – Author Notes
Correspondência
Conflito de Interesse
XML PMC Front: Article Metadata – Author Notes
Contribuição dos Autores Marcação de Links
XML PMC Front: Article Metadata
Datas de publicação e dados do fascículo em que o artigo foi
publicado.
Se houver paginação as páginas inicial e final são marcadas com as tags <fpage> e <lpage>
Electronic Location Identifier
XML PMC Front: Article Metadata
Histórico
Informações relativas às permissões
XML PMC Front: Article Metadata
Relacionamento entre Artigos
Resumo
Seção do Resumo
XML PMC
Informação de Financiamento de Projeto
Contagem de Páginas, Tabelas, Referências...
Front: Article Metadata
Fim do Article Metadata e do Front
XML PMC Body
Início
Seção
Parágrafo
Tipo de Seção
Título da Seção
Referência Cruzada Referência Bibliográfica
XML PMC Body Referência Cruzada
Link entre a chamada no texto e o objeto referenciado (Figura,
Tabela, Equação, Material Suplementar...)
XML PMC Estruturas de Bloco: Figuras
Link ou nome do arquivo
XML PMC Estruturas de Bloco: Material Suplementar
XML PMC Back – Referências
<ref>...</ref> <ref>...</ref> ...
Lista de Referências
Referência 1
Referência 2
XML PMC Back: Referências
2 formas de marcar
Mixed Citation
Element Citation
Amostras de Referências em “PubMed Central Citations”: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/pmcdoc/tagging-guidelines/citations/v3/toc.html
XML PMC Back: Estrutura de Bloco – Lista de Definições
Lista de Definições
Termo, Acrônimo ou Sigla
Definição
Dúvidas e Comentários
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Muito Obrigada!!!