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Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações João Manuel R. S. Tavares [email protected] www.fe.up.pt/~tavares Abril 30, 2014

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Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

João Manuel R. S. Tavares

[email protected] www.fe.up.pt/~tavares

Abril 30, 2014

Sumário

1. Apresentação

2. Visão Computacional em Biomedicina

i. Introdução

ii. Segmentação

iii. Análise e Simulação • Seguimento • Emparelhamento • Alinhamento • Simulação

iv. Visão 3D

3. Desenvolvimento de Dispositivos em Biomedicina: Exemplos e Patentes

4. Publicações & Eventos

2 Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 2014@João Manuel R. S. Tavares

Apresentação

Apresentação • Prof. Associado no Dep. de Eng. Mecânica (DEMec) da

FEUP • Investigador Sénior e Coordenador de Projecto no Lab. de

Óptica e Mecânica Experimental (LOME) do INEGI • Doutorado e Mestre em Eng. Electrotécnica e de

Computadores (FEUP) (com Tese e Dissertação na área do Processamento e Análise de Imagem)

• Licenciado em Eng. Mecânica (FEUP) • Áreas de Investigação: Processamento e Análise de

Imagem (segmentação, seguimento, emparelhamento, alinhamento e visão 3D), Interfaces Homem/Máquina (visualização de dados e percepção humana), Desenvolvimento de Produto (dispositivos biomédicos), Biomecânica, Movimento e Postura Humana

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 4

Visão Computacional: Introdução

Introdução • O sistema sensorial de visão tem elevada importância

para grande parte dos seres vivos – Podendo disponibilizar informações de índole básica, como

verificar a existência ou não de obstáculos, ou complexa, como o seguimento e a análise de movimento

– Operações comuns: identificação (segmentação), seguimento e reconhecimento de movimento (seguimento e análise de movimento), correspondência e alinhamento (emparelhamento e alinhamento), interpolação de formas (simulação), obtenção da forma/informação 3D (Visão 3D)

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 6

Introdução • Os investigadores da área da Visão Computacional

tentam desenvolver algoritmos computacionais para realizar de forma automática, ou semi-automática, operações e tarefas desenvolvidas pelos (complexos) sistemas de visão dos seres vivos

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 7

Imagens originais

Azevedo et al. (2010) Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering 13(3):359-369

Modelo computacional 3D voxalizado e poligonizado

Introdução • Algoritmos de Visão Computacional são de elevado

interesse para a Sociedade, sendo frequentemente usados, por exemplo, em: – Ciências naturais, Desporto – Engenharia, Indústria – Medicina, Biologia

• Exemplos de tarefas comuns envolvendo algoritmos de Visão Computacional: – Segmentação, Reconhecimento (2D-4D) – Seguimento e análise de movimento, incluindo

emparelhamento, alinhamento e simulação (2D-4D) – Visão 3D

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 8

Introdução: Visão Computacional – Operações e Objectivos

Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 9

Melhoramento de imagem

Segmentação de imagem / extração de características

seguimento

emparelhamento

simulação

Imagem / imagens

Análise de movimento alinhamento

Processamento de Imagem

Análise de Imagem / Visão Computacional

2014@João Manuel R. S. Tavares

Visão 3D

Visão por Computador

Introdução • (Pré-)Processamento de Imagem: suavização de ruído

por difusão anisotrópica

10 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Visão Computacional em Biomedicina: Segmentação

Segmentação • Pretende-se identificar de forma automática, ou semi-

automática, os objetos (2D/3D) presentes em imagens estáticas ou em sequências de imagem

• As técnicas mais comuns são baseadas em binarização por limiar, crescimento de regiões, redes neuronais, emparelhamento de protótipos, modelações geométricas, estatísticas e físicas

• É uma das operações mais usuais em Visão Computacional, sendo frequentemente a primeira “grande” tarefa considerada

• Problemas envolvidos: ruído, baixa resolução, reduzido contraste, formas não conhecidas, oclusões parciais, múltiplas estruturas presentes, etc.

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 12

• Segmentação de contornos em pedobarografia dinâmica: método de Otsu, operadores morfológicos, XOR

Imagens originais Após segmentação

Bastos & Tavares (2004) LNCS 3179:39-50

Segmentação

camada de contacto + vidro

câmara espelho

luz reflectida vidro

pressão camada opaca

lâmpada

lâmpada camada transparente

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 13

Region Growing, x=215; y=254

Segmentação • Segmentação de estruturas do ouvido: método de

crescimento de regiões

Imagem original Segmentação obtida (labirinto ósseo)

Barroso et al. (2011) CNME 2011 Ferreira et al. (2014) Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering 17(8):888-904

X: 254 Y: 214Index: 116.7RGB: 0.459, 0.459, 0.459

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 14

Segmentação • Segmentação do lumen da carotida em imagens B-mode:

detetor de orlas, operadores morfologicos, seguimento de orlas

Segmentação obtida em imagens de Doppler - B-mode (3 exemplos)

Pereira & Tavares (2011) RecPad 2011, 40-41

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 15

Segmentação • Deteção de calcificações em mamografias:

transformada de Hough

Chagas et al. (2007) VipIMAGE 2007, 363-368

Imagem original Após segmentação

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 16

Segmentação • Segmentação de caraterísticas: protótipos deformáveis

geométricos

Carvalho & Tavares (2006) CompIMAGE 2006, 129-134 Carvalho & Tavares (2007) VipIMAGE 2007, 209-215

Exemplo de um protótipo deformável

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 17

Segmentação • Segmentação de caraterísticas faciais:

protótipos deformáveis geométricos

Carvalho & Tavares (2006) CompIMAGE 2006, 129-134 Carvalho & Tavares (2007) VipIMAGE 2007, 209-215

Imagem original e imagens de campos de energia (força)

Segmentação da íris usando um protótipo deformável (circulo)

Segmentação do olho usando um

protótipo deformável 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 18

Segmentação • Segmentação de objetos em imagens: modelos ativos

de forma (Modelação Estatística)

Vasconcelos & Tavares (2008) Computer Modeling in Engineering & Sciences 36(3):213-241 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 19

Segmentação • Análise do tracto vocal durante a fala partir de imagens

de ressonância magnética: modelos ativos de forma

Vasconcelos et al. (2011) Journal of Voice 25(6):732-742

Segmentação intermédia II

Imagem original +

modelo médio

Segmentação final

Segmentação intermédia I

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 20

Segmentação • Segmentação de objectos em imagens: modelos ativos

de aparência

Vasconcelos & Tavares (2008) Computer Modeling in Engineering & Sciences 36(3):213-241 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 21

Segmentação • Análise do tracto vocal durante a fala partir de imagens de

ressonância magnética: modelos ativos de aparência

Vasconcelos et al. (2011) Journal of Engineering in Medicine 225(1):68-76 Vasconcelos et al. (2012) Journal of Engineering in Medicine 226(3):185-196

Segmentações intermédias

Segmentação inicial

Segmentação final

Segmentações intermédias

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 22

Segmentação • Segmentação de objetos em imagens: contornos ativos

(i.e. snakes – modelos paramétricos)

Tavares et al. (2009) International Journal for Computational Vision and Biomechanics 2(2):209-220 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 23

Segmentação • Segmentação de objetos em imagens: contornos ativos

(i.e. snakes)

Imagem original e contorno inicial

Contorno final

Gonçalves et al. (2008) Computer Modeling in Engineering & Sciences 32(1):45-55 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 24

Imagem original e contornos inicial Contorno final

Segmentação • Segmentação de objetos em imagens: métodos de level

set – modelos geométricos

Ma et al. (2010) Medical Engineering & Physics 32(7):766-774 Ma et al. (2010) Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering 13(2):235-246

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 25

Segmentação • Segmentação de objetos em imagens: métodos de level

set

Imagem original Segmentação inicial Segmentação final

Perdigão et al. (2005) Encontro_1_Biomecânica, 81-85 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 26

Segmentação • Segmentação de bifurcação da carótida em imagens de

Doppler: métodos de contornos ativos e de level set

Segmentação usando um modelo de contornos ativos (Yessi)

Silva et al. (2011) VipIMAGE 2011, 117-122 Santos et al. (2013) Expert Systems with Applications 40(16):6570-6579

Segmentação usando um modelo de level set (Chan-Vese)

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 27

Segmentação • Segmentação de objetos em imagens: métodos de level

set, conhecimento prévio

Ma et al. (2010) Medical Engineering & Physics 32(7):766-774 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 28

Segmentação • Segmentação do pavimento pélvico feminino a partir

de imagens de ressonância magnética: método de level set, conhecimento prévio

Ma et al. (2010) Medical Engineering & Physics 32(7):766-774 Segmentação do pavimento pélvico

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 29

Segmentação

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 30

Ma et al. (2013) Computers in Biology and Medicine 43(4):248-258 Ma et al. (2012) The Int. Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering 28(6-7):714-726

Segmentação de órgãos (bexiga, vagina, ânus) da cavidade pélvica (3 exemplos)

• Segmentação de órgãos da cavidade pélvica feminina a partir de imagens de ressonância magnética: modelos de level set, conhecimento prévio

Segmentação • Segmentação da bexiga a partir de imagens de

ressonância magnética: modelos de level set, conhecimento prévio

Ma et al. (2011) Annals of Biomedical Engineering 39(8):2287-2297

Segmentação das paredes internas e externas da bexiga (3 exemplos)

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 31

Visão Computacional em Biomedicina: Seguimento,

Emparelhamento, Alinhamento e Simulação

Seguimento • Pretende-se seguir o movimento e/ou a deformação de

estruturas em sequências de imagem (2D/3D) • Nesta área, destacam-se as técnicas baseadas em fluxo

óptico, emparelhamento de blocos e em métodos estocásticos

• Usualmente, envolve a estimativa do movimento envolvido, a gestão das entidades seguidas, a análise do movimento seguido bem como a sua quantificação

• Problemas envolvidos: movimento não rígido, distorção geométrica, condições de iluminação variáveis, oclusão, ruído, múltiplas estruturas, etc.

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 33

Seguimento • Plataforma desenvolvida para

seguimento de entidades (pontos / rectas) em sequências de imagem: filtro de Kalman ou filtro Unscented Kalman, otimização, distância de Mahalanobis, modelo de gestão

Pinho et al. (2007) Int. Journal of Simulation Modelling 6(2):84-92 Pinho & Tavares (2009) VipIMAGE 2009, 299-304 Pinho & Tavares (2009) Computer Modeling in Engineering & Sciences 46(1):51-75

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 34

Seguimento • Seguimento de marcas em análise da marcha: filtro de

Kalman, distância de Mahalanobis, otimização, modelo de gestão

Previsão Incerteza Medição Correspondência Resultado

Pinho et al. (2005) ICCB 2005, 915-926 Pinho & Tavares (2009) Computer Modeling in Engineering & Sciences 46(1):51-75

(5 frames)

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 35

Sousa et al. (2007) ISHF2007, 331-340 Sousa et al. (2007) ICCB2007, 291-296

Seguimento • Análise da marcha com deteção de

eventos: filtro de Kalman, distância de Mahalanobis, otimização

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 36

Pinho et al. (2005) LSCCS, Vol. 4A:463-466 Pinho et al. (2007) International Journal of Simulation Modelling 6(2):84-92

(547 frames)

Seguimento • Seguimento de ratos em sequências longas de imagem:

filtro de Kalman, distância de Mahalanobis, otimização, modelo de gestão

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 37

Emparelhamento • É uma das tarefas mais usuais em Visão Computacional, por

exemplo, para alinhar objetos, reconhecer objetos, obter informação 3D, analisar movimento, etc.

• Geralmente é conseguido através da consideração de características invariantes, como a curvatura, ou de deslocamentos (assinaturas) em espaços globais/próprios, como no espaço modal ou de Fourier

• Problemas envolvidos: oclusão, deformações não rígidas, variações elevadas de forma, etc.

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 38

Emparelhamento • Emparelhamento de contornos em imagens: modelação

física/geométrica, análise modal, otimização

Bastos & Tavares (2006) Inverse Problems in Science and Engineering 14(5):529-541 Tavares & Bastos (2010) Progress in Computer Vision and Image Analysis 339-368

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 39

• Emparelhamento de contornos em pedobarografia dinâmica: FEM, análise modal, otimização

Emparelhamento

Imagens originais Contornos emparelhados

Bastos & Tavares (2004) LNCS 3179:39-50 Tavares & Bastos (2010) Progress in Computer Vision and Image Analysis, 339-368

camada de contacto + vidro

câmara espelho

luz reflectida vidro

pressão camada opaca

lâmpada

lâmpada camada transparente

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 40

Alinhamento • É uma tarefa habitualmente necessária para comparar objetos

representados em imagens adquiridas em instantes de tempo distintos ou segundo diferentes condições/técnicas

• O alinhamento é geralmente essencial, por exemplo, em medicina para analisar a evolução de patologias a partir de imagens

• Geralmente é conseguido através da consideração de características invariantes, como pontos de curvatura máxima, emparelhamento e estimativa da transformação envolvida, ou pela minimização de uma medida de semelhança

• Problemas envolvidos: características não determinadas facilmente, deformações não rígidas, variações elevadas de forma, etc.

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 41

Alinhamento • Alinhamento de contornos em imagens: modelação

geométrica/física, otimização, programação dinâmica

Oliveira & Tavares (2008) Computer Modeling in Engineering & Sciences 31(11):1-11 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 42

Alinhamento • Alinhamento de imagens de pedobarografia: modelação

geométrica, otimização, programação dinâmica

Imagens originais e contornos extraídos

Contornos emparelhados e imagens antes e após alinhamento

Oliveira et al. (2009) Journal of Biomechanics 42(15):2620-2623 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 43

Alinhamento • Alinhamento de imagens de pedobarografia:

transformada de Fourier

Imagens originais Imagens antes e após alinhamento

Oliveira et al. (2010) Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering 13(6):731-740

44 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Alinhamento • Alinhamento de imagens de pedobarografia: método

híbrido: Alinhamento de Contornos ou Alinhamento baseado na transformada de Fourier + Otimização de semelhança (MSE/MI/XOR)

Imagens originais, antes e após alinhamento

Oliveira & Tavares (2011) Medical & Biological Engineering & Computing 49(3):313-323

45 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Alinhamento • Alinhamento de imagens de uma mesma modalidade:

maximização direta da correlação cruzada (transformada de Fourier)

46

Imagens Alinhadas

Imagem originais (RM - proton density)

Soma

Soma Diferença

Oliveira et al. (2010) Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering 13(6):731-740

46 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Alinhamento • Alinhamento intermodal (CT/RM): otimização pelo

Método de Powell (otimização) de medida de semelhança (MI)

47

Imagens Alinhadas

Imagem originais

CT RM CT+RM

CT+RM Diferença CT+RM

Oliveira et al. (2011) Medical & Biological Engineering & Computing 49(3):313-323

47 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

• Alinhamento de imagens 3D: otimização iterativa, alinhamento 3D – cont.

Xadrez das imagens pré-alinhamento (CT, tórax – mesma pessoa, Δt: 8.5 meses)

(xadrez - construído substituindo algumas partes (voxels) da imagem modelo pelas partes da imagem a alinhar que têm as mesmas coordenadas das partes retiradas à imagem modelo)

48 2014@João Manuel R. S. Tavares

Alinhamento

48 Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

F F

F F F

F F F

M M M

M M M

M

M

Xadrez das imagens pós-alinhamento (Semelhança: MI, Transf.: B-splines cúbicas)

49 2014@João Manuel R. S. Tavares

Alinhamento • Alinhamento de imagens 3D: otimização iterativa,

alinhamento 3D

49 Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

50 2014@João Manuel R. S. Tavares

• Alinhamento de imagens 3D: otimização iterativa, alinhamento 3D – cont.

Xadrez das imagens pré-alinhamento (CT, cérebro – duas pessoas)

Alinhamento

50 Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

51 2014@João Manuel R. S. Tavares

• Alinhamento de imagens 3D: otimização iterativa, alinhamento 3D

Xadrez das imagens pós-alinhamento (Semelhança: MI, Transf.: B-splines cúbicas)

Alinhamento

51

Oliveira & Tavares (2014) Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering 17(2):73-93

Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Alinhamento • Alinhamento de imagens de pedobarografia para

identificação (esq. / direito), extração de medidas e índices

Imagens originais, após normalização, contornos e áreas identificadas

Oliveira et al. (2012) Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering 15(11):1181-1188

52 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Aplicação no estudo de imagens DaTSCAN SPECT

53 2014@João Manuel R. S. Tavares

Alinhamento

53 Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Imagens DaTSCAN SPECT cerebrais são usadas para auxiliar o diagnostico da doença de Parkinson e para a distinguir de outras doenças degenerativas. A solução desenvolvida é capaz de:

– Segmentar as áreas relevantes e realizar análises dimensionais – Quantificar os potenciais de ligação da ganglia basal – Computação automática de dados estatísticos relativamente a uma

população de referência

Normal Alzheimer Parkinsonismo idiopático

Tremor essencial

54 2014@João Manuel R. S. Tavares

Alinhamento

54 Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Slice médio de uma população usado como referência

Slice correspondente de um paciente

Diferença de intensidades

Mapeamento dos Z-scores no slice (a vermelho valores mais elevados)

(Os retângulos azuis representam as ROIs 3D usadas para calculo dos potenciais de ligação)

Oliveira et al. (2014) The Quarterly Journal of Nuclear Medicine and Molecular Imaging 58(1):74-84

Aplicação no estudo de imagens DaTSCAN SPECT

55 2014@João Manuel R. S. Tavares

Alinhamento

55 Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Oliveira et al. (2014) The Quarterly Journal of Nuclear Medicine and Molecular Imaging 58(1):74-84

Aplicação no estudo de imagens DaTSCAN SPECT

Ganglia basal “média” de uma

população normal

Ganglia basal de um paciente com parkinsonismo

idiopático

Ganglia basal de um paciente com parkinsonismo

vascular

Reconstrução 3D da ganglia basal e quantificação

56 2014@João Manuel R. S. Tavares

Alinhamento

56 Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Oliveira & Tavares (2014) Proceedings of the Institution of Mechanical Engineers, Part H: Journal of Engineering in Medicine (submitted)

Aplicação na segmentação e reconstrução 3D dos ossículos do ouvido médio em imagens de TC

Estrutura reconstruida a partir das segmentações obtidas

Slices com a estrutura a segmentar e a reconstruir

Alinhamento • Alinhamento de sequências de imagem 2D: alinhamento

espacial e temporal

Oliveira et al. (2011) Medical & Biological Engineering & Computing 49(7):843-850 Oliveira & Tavares (2013) Medical & Biological Engineering & Computing 51(3):267-276

57 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Alinhamento • Alinhamento de sequências de imagem 2D de

pedobarografia dinâmica: alinhamento espacial e temporal

58

Sequências originais antes do alinhamento

Sequências pré-processadas

Sequências de imagem originais

Sequências após alinhamento

camada de contacto + vidro

câmara espelho

58 2014@João Manuel R. S. Tavares

Oliveira et al. (2011) Medical & Biological Engineering & Computing 49(7):843-850

Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Alinhamento • Alinhamento de sequências de imagem 2D de

pedobarografia dinâmica: alinhamento espacial e temporal

59

Sequências originais antes do alinhamento

Sequências pré-processadas

Sequências de imagem originais

Sequências após alinhamento

59 2014@João Manuel R. S. Tavares

Oliveira et al. (2011) Medical & Biological Engineering & Computing 49(7):843-850

Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Simulação • É uma tarefa muito usada em Computação Gráfica (morphing) mas

também muito útil em Visão Computacional, por exemplo, para estimar a deformação existente entre dois objetos distintos ou entre dois instantes de um mesmo objeto, estimar as transições entre duas formas adquiridas com espaçamento temporal elevado, etc.

• Geralmente é conseguida através da consideração de transformações geométricas

• No entanto, quando se deve considerar o comportamento físico dos objetos envolvidas, devem ser usadas metodologias e modelações físicas (por exemplo, usando FEM) – Dificuldades comuns são relativas à estimativas das forças envolvidas

e das propriedades adoptadas para os materiais – Fase de emparelhamento dos objetos torna-se crucial

2014@João Manuel R. S. Tavares 60 Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Simulação

Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 61

• Simulação (morphing) física de contornos em imagens: FEM, análise modal, otimização, eq. de Lagrange

2014@João Manuel R. S. Tavares

• Simulação de contornos em imagens: FEM, análise modal, otimização, equação de Lagrange

Emparelhamento obtido

Deformações simuladas

Simulação

Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 62

Tavares & Pinho (2005) Journal of Computer Science 4(1):9-18 Gonçalves et al. (2008) Computer Modeling in Engineering & Sciences 32(1):45-55

Imagens originais

2014@João Manuel R. S. Tavares

Visão Computacional em Biomedicina: Visão 3D

Visão 3D • Pretende-se obter a forma 3D de objetos ou a

informação 3D de cenas a partir de imagens 2D • Nesta área, destacam-se: 1) formas exteriores: técnicas

ativas (com projecção de energia ou movimento relativo), passivas (sem projecção de energia ou movimento relativo) e de escavação espacial; 2) formas interiores: segmentação 2D (i.e. contornos) e interpolação, marching cubes e segmentação 3D

• Usualmente, envolve tarefas de calibração, segmentação, alinhamento, triangulação e interpolação

• Problemas envolvidos: distorção geométrica, iluminação variável, oclusão, ruído, formas complexas, etc.

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 64

Visão 3D • Reconstrução 3D de objetos a partir de slices:

segmentação 2D, Delaunay, marching cubes

Perdigão et al. (2005) CMNI 2005 Pimenta et al. (2006) CompIMAGE 2006, 343-348 Alexandre et al. (2007) VipIMAGE 2007, 359-362

2014@João Manuel R. S. Tavares 65 Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

Visão 3D • Reconstrução 3D de órgãos da cavidade pélvica

feminina partir de imagens axial e sagital de ressonância magnética: segmentação 2D, marching cubes, fusão

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 66

Ma et al. (2013) Medical Engineering & Physics 35(12):1819-1824

Slices axial e sagital da cavidade pélvica (1 - bexiga, 2 - vagina)

Bexiga reconstruida usando informação axial e sagital (2 vistas)

Visão 3D • Reconstrução 3D de órgãos a partir de imagens de

diferentes modalidades: alinhamento, marching cubes, fusão

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 67

Oliveira & Tavares (2014) Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering 17(2):73-93

slices coronal, sagital e axial, e segmentação obtida Visualização 3D após fusão

TC/SPECT

Visão 3D • Reconstrução 3D de objetos a partir de sequências de

imagem: escavação espacial

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 68

Azevedo et al. (2008) Advances in Computational Vision and Medical Image Processing: Methods and Applications, 117-136

Visão 3D

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 69

Azevedo et al. (2010) Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering 13(3):359-369

• Reconstrução 3D de objetos a partir de sequências de imagem: escavação espacial

Imagens originais Modelo computacional 3D obtido voxalizado e poligonizado

• Reconstrução 3D da coluna a partir de duas radiografias 2D e usando um modelo deformável (atlas)

Visão 3D

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 70

Moura et al. (2010) Computer Modeling in Engineering & Sciences 60(2):115-138 Moura et al. (2011) Medical Engineering & Physics 33(8):924-933

Interface desenvolvida Modelo ajustado (duas vistas) e reconstrução obtida

• Reconstrução 3D a partir de radiografias 2D: calibração – cont.

Visão 3D

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 71

Moura et al. (2010) Computer Modeling in Engineering & Sciences 60(2):115-138 Moura et al. (2011) Medical Engineering & Physics 33(8):924-933

Método desenvolvido

Calibração de um sistema de Raio-X

Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações: Sumário

Sumário

• A área da Visão Computacional é complexa e exigente, mas de elevado interesse em muitos domínios, em particular em Medicina e em Engenharia

• Vários desafios existem, como, por exemplo, condições de aquisição difíceis, oclusão, formas e topologias complexas, movimentos complicados

• Trabalho considerável já foi desenvolvido, mas existem ainda muitos desafios importantes e difíceis a resolver

• Métodos e metodologias de outras áreas do conhecimento, como da Matemática, Mecânica Computacional, Medicina e Biologia, podem contribuir para a resolução de tais desafios

• Para tal, Colaborações são Necessárias e Bem-vindas 73 Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 2014@João Manuel R. S. Tavares

Desenvolvimento de Dispositivos em Biomedicina:

Exemplos e Patentes

• Design e desenvolvimento de um Sistema para a Aquisição e Análise do Movimento Mandibular

Sistema protótipo desenvolvido

Interface do sistema protótipo desenvolvido

Santos et al. (2009) Journal of Medical Engineering & Technology 33(6):437-441

Dispositivos Médicos

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 75

Dispositivos Médicos • Design e desenvolvimento de otoscópio ótico-eletrónico

Protótipo desenvolvido 2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 76

Dispositivos Médicos • Design, produção e segurança de dispositivos

protésicos

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 77

Dispositivos Médicos • Design e desenvolvimento de um saco colector de urina

para bebes

imagens em CAD 3D

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 78

Dispositivos Médicos • Design e desenvolvimento de próteses para a coluna

Protótipos desenvolvidos para discos intervertebrais da coluna (cervical e lombar)

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 79

Dispositivos Médicos • Design de um dispositivo para administração de insulina

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 80

Dispositivos Médicos • Nova metodologia para a selecção de conceitos no

desenvolvimento de dispositivos médicos

Santos et al. (2011) DMDC 2011

Ciclo de Desenvolvimento de Produto

Stent-graft

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 81

Dispositivos Médicos • Nova representação gráfica

para o ciclo de desenvolvimento de dispositivos médicos

Santos et al. (2012) PROMED 2012

Stent-graft

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 82

Dispositivos Médicos • Patentes

– Nacionais

• Dispositivo para a Medição e Análise da Cor do Ouvido Médio e do Canal Auditivo Número de Pedido: INPI 104131, Data de Depósito: 14 de Julho de 2008, Data da Concessão: 15 de Outubro de 2010 Proprietário: Universidade do Porto – Portugal Autores: João Manuel R. S. Tavares, José Soeira, Joaquim Gabriel Mendes, Georgeta Oliveira, Jorge Reis Situação: Activa

• Dispositivo e Método para a Aquisição e Análise do Movimento Mandibular Tridimensional Número de Pedido: 103 691, Data de Depósito: 2007/03/15, Data de Concessão: 30 de Setembro de 2008 Proprietário: Universidade do Porto – Portugal Autores: João Manuel R. S. Tavares, Isa Teixeira Santos, Joaquim Gabriel Mendes, Manuel Pedro da Fonseca Paulo Situação: Caduca

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 83

Dispositivos Médicos • Patentes

– Internacionais

• “Caixa dinâmica biocompatível para substituição de discos intervertebrais da coluna” Número de Pedido: PPI 39086/08, Data de Depósito: 14 de Outubro de 2009, Extensão Internacional com referência PCT/PT2009/000053 Autores: Manuel Laranjeira Gomes, Ana Mafalda Fontes Pinto dos Reis, João Manuel R. S. Tavares, Isa Teixeira Santos Situação: Em Publicação

• “Dispositivo ajustável para substituição de discos intervertebrais da coluna” Número de Pedido: PPI 39085/08, Data de Depósito: 14 de Outubro de 2009, Extensão Internacional com referência PCT/PT2009/000052 Autores: Manuel Laranjeira Gomes, Ana Mafalda Fontes Pinto dos Reis, João Manuel R. S. Tavares, Isa Teixeira Santos Situação: Em Publicação

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 84

Dispositivos Médicos • Patentes

– Internacionais

• “Dispositivo para a Medição e Análise da Cor do Ouvido Médio e do Canal Auditivo” Extensão Internacional com referência: PCT/PT2009/000041, Data de Depósito: 13 de Julho de 2009, Países Designados: AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LI, LT, LU, LV, MC, MK, MT. NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, SM, TR Proprietário: Universidade do Porto – Portugal Autores: João Manuel R. S. Tavares, José Soeira, Joaquim Gabriel Mendes, Georgeta Oliveira, Jorge Reis Situação: Activa

2014@João Manuel R. S. Tavares Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 85

Publicações & Eventos

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Taylor & Francis journal “Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering: Imaging & Visualization”

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Lecture Notes in Computational Vision and Biomechanics (LNCV&B) Series Editors: João Manuel R. S. Tavares, Renato Natal Jorge ISSN: 2212-9391 Publisher: SPRINGER

http://www.springer.com/series/8910

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Eventos:

Webpage (www.fe.up.pt/~tavares)

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Agradecimentos

• Os trabalhos apresentados têm vindo a ser realizados parcialmente com o apoio da Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT) em Portugal, nomeadamente, através dos projetos: – PTDC/BBB-BMD/3088/2012 – PTDC/SAU-BEB/102547/2008 – PTDC/SAU-BEB/104992/2008 – PTDC/EEA-CRO/103320/2008 – UTAustin/CA/0047/2008 – UTAustin/MAT/0009/2008 – PDTC/EME-PME/81229/2006 – PDTC/SAU-BEB/71459/2006 – POSC/EEA-SRI/55386/2004

91 Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações 2014@João Manuel R. S. Tavares

Engenharia na Biomedicina: Métodos e Aplicações

João Manuel R. S. Tavares

[email protected] www.fe.up.pt/~tavares