Bioinfo - Grad - 8
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+ Bioinformática Análise de Expressão Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília [email protected] - [email protected]
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BioinformáticaAnálise de Expressão
Gabriel da Rocha FernandesUniversidade Católica de Brasília
+Identificando genes diferencialmente expressos.
nComparar diferentes condições: controle com testes.n Célula normal com célula tumoral.n Planta sem e com estresse hídrico.n Animal sem e com parasita...
nGenes em duas condições diferentes VÃO apresentar quantidades de reads diferentes.
nEssa variação pode ser diferença biológica entre as duas condições, ou ruído experimental.
nAplicação de testes estatísticos.
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+Identificando genes diferencialmente expressos.
nPara identificar uma diferença estatisticamente significantes, é necessário que a diferença de expressão entre as duas condições seja maior que a imprecisão do nível de expressão sob uma determinada condição.
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+Replicata técnica vs. Replicata biológica
nTécnica: explica a variação encontrada que pode ter sido causada por critérios técnicos: preparação da biblioteca, qualidade do sequênciamento, cobertura do gene...
nBiológica: explica a variação encontrada que pode ter sido causada pela variabilidade de expressão que não está associada à mudança nas condições do experimento.
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+Fontes de variaçãoVariância de Poisson
nÉ a incerteza existente em qualquer medição em que algo é amostrado e contado.
nComo é baseado no valor da contagem em si, não é específico do experimento.
nEssa variância está relacionada a quantidade total de reads.
nPor exemplo, a diferença na expressão de um gene medido com 1 read versus 2 reads é inerentemente menos seguro do que as diferenças na expressão de um gene medido com 100 reads versus 200 reads, apesar de ambas as diferenças serem, nominalmente, uma mudança 2X.
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+Fontes de variaçãoVariância de Poisson
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+Fontes de variaçãoVariação Técnica Não-Poisson
nAssociado à incapacidade da técnica não conseguir medir a expressão perfeitamente.
nVisto em replicatas técnicas.
nCausas:n Seleção de miRNA.n Depleção de rRNA.n Amplificação por PCR.n Armazenamento.n RNA-later.
nMoral da história: Manipule sua amostra o mínimo possível.
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+Fontes de variaçãoVariação Biológica
nOcorre naturalmente nas amostras.
nA expressão naturalmente flutua em células sob a mesma condição.
nCausas da variações biológicas podem ser diferenças genéticas, de maquinaria celular, ou de resposta a variação do ambiente.
nVariação biológica também sofre a influência das outras duas variações vistas.
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+Objetivos e Ferramentas
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nAplicar testes estatísticos para observar que a expressão em um grupo é diferente do outro grupo.
nUtilizamos a contagem dos reads para cada gene.
nPrograma R
nBioconductor
nDEGseq
