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BioinformáticaMapeamento e Montagem de Transcritoma

Gabriel da Rocha FernandesUniversidade Católica de Brasília

gabrielf@ucb.br - fernandes.gabriel@gmail.com

+Objetivos

2

nMontar os reads em transcritos (sem genoma referência)

nIdentificar novos transcritos (genoma referência)

nQuantificar a expressão dos genes.

+Ferramentas

nMontagem de novon Trinityn Oases (Velvet)

nMapeamenton Bowtien BWAn Maqn TopHat

3

+Do que preciso para o mapeamento

nGenoma Referência:n Fasta (mapeamento)n GenBank ou GFF (quantificação)

4

+Splicing alternativo

5

+Fusão Genica

6

+Quantificando

7