Qualidade?Família de estruturas

Validade?

Análise das Estruturas obtidas

Em cristalografia: resoluçãofator-Rfatores-B atômicosocupação

Em NMR: RMSD da cadeia principal e da molécula toda(antigamente) RMSD de segmentos estruturados

resultados precisos porém não necessariamente acurados

Em NMR: nível de completeza de NOEs baseado na estruturas obtidas(atualmente) grau de coerência entre estruturas e restrições experimentais

qualidade das propriedades geométricas

sistemática nos critérios de análise de estruturas publicadas(AQUA e PROCHECK-NMR)

Restrições experimentais: coerência entre modelos finais e restrições experimentais,dada na forma de número e tamanho de restrições violadas.

erros randômicosdifusão de spinerros sistemáticos introduzidos por diferentes seqüências de pulsosdesconhecimento da função de densidade espectral ( NOE const.J( ).r-6 )

Qualidade estereoquímica: são analisadas propriedades geométricas da proteína (comprimento e ângulo de ligação, ângulos diedrais e impróprios, etc.), com base em dados obtidos por comparação das várias estruturas resolvidas por raios-X, de alta resolução, depositadas no PDB.

gráfico de RamachandranRMSD da cadeia principal e cadeias lateraisvariância circularacessibilidade ao solventefator-Gresolução equivalente