Post on 10-Sep-2020
シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット(大腸菌用)
Cica Geneus® E. coli POT KIT
キットの構成(30回分) 操作手順
● 解析結果を数値化(POT値)することで、E.coli の菌株識別が可能です。● 最適化したマルチプレックスPCRなので、約4時間以内で分子疫学解析が可能です。● パルスフィールドゲル電気泳動(PFGE)のように、特別な装置は不要です。● 特にESBL産生大腸菌において、PFGEに近い識別能を有しています。
特長
*1 AptaTaq DNA Master(5×Conc.)は、Roche Diagnostics K.K.の商品です。*2 DNA抽出は、シカジーニアス® DNA抽出試薬をご利用ください(別売)。
個別名称
試薬A
試薬 B
試薬C
試薬D
試薬 E
試薬 F
容 量
240 μL×1本
240 μL×1本
120 μL×1本
120 μL×1本
240 μL×1本
240 μL×1本
AptaTaq DNA Master(5×Conc.)*1
PCRサプリメント
プライマーミックスα
プライマーミックスβ
ポジティブコントロール
6×ローディングバッファー
2種類のマルチプレックスPCR
DNA抽出*2を行い、テンプレートDNAを調製
分離した菌株を純培養
アガロースゲル電気泳動(別途準備)
バンドパターンの読み取り
POT値の算出
各検体でのPOT値の比較解析
大腸菌(E. coli)は、自然環境中に広く存在する日和見感染菌です。医療環境においては、食中毒や院内感染といった集団感染の原因になることが多く、感染管理が重要となります。本キットは、大腸菌の菌種同定、クローン同定および菌株識別を行うための遺伝子型別キットです。愛知県衛生研究所(現 藤田保健衛生大学)の鈴木先生らが開発したPCR-based ORF Typing(POT)法の原理に基づき、マルチプレックスPCRを用いて大腸菌の保有する複数の特定遺伝子領域を増幅し、アガロースゲル電気泳動法によって分離されたバンドパターンを数値化することで、クローン同定および菌株識別を遺伝学的に決定します。
BGa-14(201707)
POT No. 増幅サイズ゙(bp) POT係数 ターゲット領域
Reactionmixture 1
Reactionmixture 2
表1 検出ORFの種類(ターゲット領域)とそのPCR増幅産物サイズ
①2つのマルチプレックス PCRの電気泳動結果(図1)からバンドパターン(表1)を読み取ります。②この電気泳動のバンドの有無の結果を用いて、POT値解析用の計算シートに二進法で入力し、3つのカテゴリーの POT値を算出します。Ⅰ PCR PC が陽性の場合、その検体は大腸菌であることが確認できます。Ⅱ ESBL 産生大腸菌で多く分離されるST131株は、POT1の値が49になります。Ⅲ POT2の値が奇数であればCTX-M-1 group、128 以上であればCTX-M-2 group、POT3の値が奇数であればCTX-M-9 group の各 ESBL 遺伝子を保有しています。Ⅳ 検体間の POT値を比較することで、E. coli の菌体間の相同性を客観的に推測出来ます。Ⅴ 集団感染から得られた菌体は POT 1 ~ 3 の POT値が全て同一になります。
★上記の他に必要な機材などがございますので、弊社営業所もしくは販売店へお問合せください。●本キットは愛知県と中部大学から特許許諾を得て、製造販売しております。他メーカーの商品に関するライセンスについては、各メーカーにご確認ください。●製品の仕様は、製品の改良のため変更する場合がございます。あらかじめご了承ください。
*希望価格は税抜きです。
解析結果
■ 製品情報
カテゴリーPOT1POT2POT3
1800
217166
32002
41004
図1におけるサンプル番号
製品番号08362-9708178-96
包装30回分120回分
希望価格(円)42,00022,000
保存冷凍(-20 ℃~-25 ℃)冷蔵(2 ℃~8℃)
製品名シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット(大腸菌用)シカジーニアス® DNA抽出試薬
■ PCRキットシリーズ、関連試薬製品番号08180-9608180-9708187-9608062-9608112-9608114-96
包装120回分 30回分 50回分 30回分 30回分 30回分
希望価格(円) 83,000 38,000 64,000 42,000 38,000 38,000
製品名
シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット(黄色ブドウ球菌用)
シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット(緑膿菌用)シカジーニアス® 分子疫学解析POTキット(アシネトバクター属菌用)シカジーニアス® ESBL遺伝子型検出キットシカジーニアス® カルバペネマーゼ遺伝子型検出キット
製品番号08087-9672101 46510-7914575-4349914-4001089-23
包装100回分10枚1 L10 mL
125 gel Lanes100 g
希望価格(円)85,0003,1005,0005,00013,00027,000
製品名シカジーニアス® 病原遺伝子検出PCRキット(下痢原性大腸菌用)クロモアガーESBL生培地10×TBE緩衝液臭化エチジウム溶液(2 mg/mL、点眼瓶入)Quick-Load Purple 50 bp DNA LadderアガロースKANTO HC(短フラグメント用)
PCR PCPOT 1-1POT 1-2POT 1-3POT 1-4POT 1-5POT 1-6POT 2-1POT 2-2POT 2-3POT 2-4POT 2-5
6525114153633072532221781461239880
-321684211286432168
E. coli Positive controlGenomic Islet-1Genomic Islet-2Genomic Islet-3Genomic Islet-4Genomic Islet-5Genomic Islet-6
Genomic Island-1Genomic Island-2Genomic Island-3Genomic Island-4
PCR PCPOT 2-6POT 2-7POT 2-8POT 3-1POT 3-2POT 3-3POT 3-4POT 3-5POT 3-6POT 3-7POT 3-8
65252743636131125021917915412210279
-4211286432168421
E. coli Positive controlGenomic Islet-7Genomic Island-5
Genomic Island-6Genomic Island-7Genomic Islet-8Genomic Island-8Genomic Island-9Genomic Islet-9Genomic Island-10
NEW !
図1 電気泳動パターンの実例 M: 50 bp ラダーマーカー P : ポジティブコントロール 1 : ATCC 8739 2 :ATCC 11775 3 : ATCC 25922 4 :ATCC 27166 5 : ATCC 35218 6 :ATCC BAA-2340 (KPC) 7 : ATCC BAA-2469 (NDM-1) 8 : ATCC 35150 (O-157)
弊社製品 HPからPOT値解析用計算シートをダウンロード後、バンドの有無を二進法で入力し(バンドあり:1、バンドなし:0)、3つのカテゴリーの POT値を算出。
CTX-M-2bla
CTX-M-1bla
CTX-M-9bla
5219624
649634
749434
8263232
Reaction mixture 2
Reaction mixture 1
652
bp
511415363307253222178146123 98 80
652527436361311250219179154122 102 79
M P 1 2 3 4 5 6 7 8 P
M P 1 2 3 4 5 6 7 8 P